Cuộc nổi dậy Maccabe và sự độc lập của người Do Thái (164 – 63 TCN)
Vài tháng sau khi Antiochus Epiphanes xúc phạm ngôi đền, một đặc vụ được cử đến Modein, một ngôi làng nhỏ phía tây bắc Jerusalem, để buộc công dân của ngôi làng này phải hiến tế ngoại giáo. Một người đàn ông lớn tuổi tên là Mattathias thuộc gia đình linh mục Hasmonean đã từ chối. Khi một người ngoài cuộc tình nguyện hiến tế, Mattathias đã giết chết người quay lưng cũng như đặc vụ Seleucid ngay tại chỗ. Trong một năm, Mattathias đã lãnh đạo năm người con trai của mình và nhiều người sẽ tham gia cùng họ trong các hoạt động quân sự chống lại người Seleucid và những người Do Thái thỏa hiệp. Ban ngày ẩn náu, ban đêm tấn công, chúng phá bỏ các bàn thờ ngoại giáo, ép cắt bao quy đầu cho trẻ em và quảng bá đạo Do Thái trong dân chúng. Sau cái chết của Mattathias, con trai thứ ba của ông là Judas, biệt danh là Maccabeus (“Cái búa”), lên nắm quyền lãnh đạo cuộc nổi dậy. Liên minh này gồm các linh mục và chiến binh được gọi là Maccabees. Đến năm 164 trước Công nguyên, Judas Maccabeus giành được quyền kiểm soát ngôi đền. Nghi lễ mà người Do Thái cung hiến lại ngôi đền vẫn được người Do Thái cử hành cho đến ngày nay và được gọi là “Hanukkah” (“Cống hiến”). Tự do chính trị mất nhiều thời gian hơn đối với người Do Thái, nhưng cuối cùng nó cũng đến.
Có thể hiểu được tác động của gia đình Hasmonean đối với Israel từ một danh sách ngắn gọn về những đỉnh cao trong lịch sử của họ. Anh trai của Judas, Jonathan, được trao chức vụ thầy tế lễ thượng phẩm, một danh hiệu mà gia đình ông giữ cho đến khi người La Mã chiếm đóng Jerusalem vào năm 63 trước Công nguyên. Bởi vì người Hasmoneans không phải là hậu duệ của dòng dõi Zadok nên sự phản đối tôn giáo đối với gia đình bắt đầu gia tăng. Lúc này người Essenes đã tách khỏi đền thờ, người Pha-ri-si và người Sa-đu-sê cũng trở thành những nhóm tôn giáo riêng biệt. Anh trai của Jonathan, Simon, được giải phóng hoàn toàn khỏi việc nộp thuế cho người Syria vào năm 142 trước Công nguyên. Điều này đã thiết lập đầy đủ thời kỳ tự trị của người Do Thái Hasmonean-Maccabean (142–63 TCN). Con trai của Simon là John Hyrcanus (134–104 TCN) đã mở rộng lãnh thổ của Israel đến Samaria ở phía bắc và Idumea ở phía nam. Hyrcanus buộc người Idumeans phải chịu cả phép cắt bao quy đầu và luật Do Thái. Vào năm 108 trước Công nguyên, Hyrcanus đã phá hủy ngôi đền của người Samaritan. Vào thời điểm này, một số bất mãn với người Hasmoneans bắt đầu gia tăng trong người Do Thái. Sự thách thức của một người Pha-ri-si chống lại quyền làm thầy tế lễ thượng phẩm của Hyrcanus đã khiến Hyrcanus chuyển lòng trung thành của mình từ người Pha-ri-si sang người Sa-đu-sê. Sự phản đối của những người Pha-ri-si ngày càng gia tăng khi các linh mục Hasmonean bắt đầu áp dụng quan điểm Hy Lạp hóa.
Aristobulus I (104–103 TCN), người đầu tiên công khai tự xưng là vua, lấy danh hiệu Philhellene (“Người yêu thích những thứ của Hy Lạp”). Anh trai của ông là Alexander Janneaus (103–67 TCN), mặc dù sống cuộc sống riêng tư của một bạo chúa châu Á sa đọa, nhưng đã mở rộng thành công biên giới của Israel về phía tây đến Địa Trung Hải và về phía đông sang phía bên kia sông Jordan. Ông được nhớ đến một cách khét tiếng vì đã đóng đinh trong một ngày 800 người Pha-ri-si khi vợ con của họ bị giết ngay trước mắt họ. Vợ góa của Alexander, Salome Alexandra (76–67 TCN) đã trị vì với một số thành công khi bà chuyển sự ủng hộ của mình trở lại những người Pha-ri-si. Tuy nhiên, hai người con trai của bà đã chiến đấu với nhau một cách tàn nhẫn để giành quyền kiểm soát chính trị khiến cả đất nước rơi vào tình trạng bất ổn. Cuộc nội chiến giữa Aristobulus II và Hyrcanus II đã làm Israel suy yếu đến mức tướng La Mã Pompey gặp chút rắc rối khi ông xâm lược Israel và thêm nước này vào đế chế đang mở rộng của La Mã vào năm 63 trước Công nguyên. Các dân tộc mà người Hasmoneans chinh phục gần đây sẵn sàng chấp nhận phiên bản công lý của La Mã thay cho sự cai trị khắc nghiệt của người Hasmoneans.